根据提供的信息，2025年全国医学院校综合实力排名中，北京协和医学院位列第一。具体排名如下：

1. 北京协和医学院

2. 上海交通大学医学院

3. 复旦大学上海医学院

4. 北京大学医学部

5. 中山大学医学部

6. 首都医科大学

7. 浙江大学医学院

8. 华中科技大学同济医学院

9. 四川大学华西医学中心

10. 中南大学湘雅医学院

北京协和医学院在多个排名榜中均名列前茅，并且连续三年获得中国医学院校综合排行榜榜首