哈尔滨工程大学控制科学与工程专业的考研初试科目包括：

1. 101思想政治理论

2. 201英语一（或202俄语、203日语，选一）

3. 301数学一

4. 808自动控制原理

复试笔试科目为微型计算机原理与接口技术，同等学力加试科目包括工程数学（含线性代数、复变函数）和电路基础。

考生应参考最新的招生简章和考试大纲来准备考试，并关注参考书目，如《自动控制原理》、《线性系统理论》和《现代控制理论》等。