化学专业第三轮评估排名如下：

1. 北京大学

2. 清华大学

3. 中国科学技术大学

4. 南开大学

5. 吉林大学

6. 复旦大学

7. 厦门大学

8. 上海交通大学

9. 南京大学

10. 浙江大学

以上排名根据第三轮学科评估结果得出，其中北京大学化学学科在第四轮学科评估中也被评估为“A+”类学科，并列第一名。