上海生物研究所的研究领域包括但不限于：

农业生物技术

农业生物育种

生物安全评价与检测

农业合成生物学

生物化学与分子生物学

多肽与蛋白质的结构与功能关系

核酸的结构功能，基因表达和调控

基因工程的研究

酶、生物膜的结构功能

生命科学和生殖健康

基础及应用基础研究

创新药物和医疗器械研究

公共卫生和生物安全技术研究

重大疾病防治研究

生物制品研发

人用疫苗

治疗性抗体

基因重组蛋白药物

感染与免疫

病原与宿主相互作用机制研究

感染性病原的检测、预防、治疗

功能基因组学

重要生物学和经济性状基因的定位及克隆

基因表达谱和功能分析

分子生理与生物化学

光合作用机构运转及其调节控制

植物激素作用机理

环境生物学和分子生态学

植物-昆虫-微生物间的相互作用

植物和昆虫对环境的适应机制

工业生物技术

抗生素生物合成

纤维素利用

生物制氢

细胞生物学

基因调控

RNA与表观遗传学

蛋白质科学

细胞信号转导

上海生物研究所的研究工作不仅涵盖了基础科学，还包括应用研究，旨在解决现代农业、生物医药、环境保护等领域的关键技术问题，并推动科研成果的转化和应用