根据提供的信息，2024年南京的大学排名如下：

南京大学：

位列全国第9位，是江苏省内排名第一的高校。

东南大学：

排名全国第12位，紧随南京大学之后。

南京航空航天大学：

排名全国第35位。

南京理工大学：

排名全国第52位。

南京师范大学：

排名全国第68位。

南京农业大学：

排名全国第76位。

以上排名根据不同的评估机构和标准可能会有所差异，但总体来看，南京大学和东南大学是南京市乃至全国都非常知名的综合性大学，而其他高校如南京航空航天大学、南京理工大学、南京师范大学和南京农业大学在各自的学科领域也具有很高的声誉和实力。