南京航空航天大学的专业排名如下：

1. 航空航天工程

2. 飞行器设计与工程

3. 飞行器环境与生物工程

4. 飞行器动力工程

5. 电气工程及其自动化

6. 机械工程及自动化

7. 自动化

8. 计算机科学与技术

9. 交通运输工程

10. 应用化学

这些专业在教育部的学科评估中获得了较高的评级，并在多个排名中名列前茅。飞行器设计与工程、飞行器动力工程等专业被评为国家级一流本科专业建设点和国家特色专业。