上海财经大学应用数学系的考研初试科目通常包括：

1. 101思想政治理论

2. 201英语一

3. 601数学分析

4. 816高等代数

复试中可能包含的笔试科目为“常微分方程”，参考书目为《常微分方程》丁同仁等编，高等教育出版社出版。

请注意，以上信息基于历史数据，具体考试科目可能会有变动，建议直接咨询上海财经大学研究生院或查看最新的招生简章获取最新信息