南京高校的优势专业排名如下：

南京大学

人工智能：投档线为662分

计算机科学与技术：投档线为659分

理科试验班类（匡亚明学院大理科班，含化学类数学物理生物计算机天文专业）：投档线为658分

软件工程：学费为16000元/年，投档线为657分

金融工程（计算机金融实验班，含双学士学位）：投档线为656分

电子信息类（含电子信息科学与技术、通信工程、微电子科学与工程专业）：投档线为656分

工科试验班（含材料物理、材料化学、新能源科学与工程、光电信息科学与工程、生物医学工程、自动化、建筑学、城乡规划、工业工程类专业）：投档线为655分

东南大学

生物医学工程（全国排名第1）

艺术学理论（全国排名第2）

信息与通信工程（全国排名第7）

仪器科学与技术（全国排名第4）

电子科学与技术（全国排名第2）

交通运输工程（全国排名第2）

土木工程

南京信息工程大学

大气科学（全国排名第一）

南京医科大学

公共卫生与预防医学（全国多次位列第一）

南京中医药大学

中医药相关专业

南京理工大学

大气科学（全国排名第一）

南京审计大学

审计学、财政学、金融学、会计学

南京工程学院

电力类、机械类（如电气工程及其自动化、智能电网信息工程、电气工程与智能控制等）

以上排名基于最近的信息，具体排名可能会根据不同的评价体系和时间有所变化。