根据提供的信息，阜阳市的本科大学包括：

1. 阜阳师范大学

主管部门：安徽省教育厅

所在地：阜阳市

办学层次：本科

备注：公办

2. 阜阳理工学院

主管部门：安徽省教育厅

所在地：阜阳市

办学层次：本科

备注：民办

以上信息根据最近更新的数据整理得出，排名不分先后。如果您需要了解更多详细信息，请告诉我