菏泽市的国家级学校包括：

菏泽市高级技工学校

是一所国家级重点技工学校，位于牡丹区。

菏泽技术学院 （Heze Technical College）：

原菏泽市高级技工学校，是全市唯一的双“国家级重点学校”。

菏泽牡丹区卫生学校

是菏泽市唯一的一所国办国家级重点普通中等专业卫生学校。

菏泽信息工程学校

推荐度较高，是一所国办学校。

山东省菏泽第一中学

初名曹州官立中学堂，后经过多次更名，现为省级规范化学校。

巨野县第一中学

是山东省规范化学校，山东省高中教学示范学校。

鄄城县第一中学

成立于1950年，是省级规范化学校。

郓城第一中学

是省级规范化学校，获得国家级“科研教改先进实验学校”称号。

全国青少年校园足球特色学校（菏泽20所）：

包括菏泽市牡丹区南城办事处南关小学、菏泽市牡丹区第二实验小学等。

国防教育特色学校（2017年名单）：

包括成武县第二中学、郓城高级中学等。

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