根据提供的信息，以下是云南制药工程专业的大学排名情况：

昆明医科大学- 排名第一

昆明医科大学海源学院- 排名第二

云南师范大学- 排名第三

文山学院- 排名第四

曲靖师范学院- 排名第五

云南中医药大学- 排名第六

云南民族大学- 排名第七

昆明理工大学- 排名第八

云南大学- 排名第九

请注意，排名信息可能会随着时间的推移而发生变化，建议以最新的官方发布信息为准。