清华大学最好的学院根据不同的标准和时间点，有不同的评价。以下是几个被广泛认为在清华大学中表现突出的学院：

计算机科学与技术学院：

该学院以其卓越的教学质量和强大的科研实力而闻名，拥有一流的师资力量和科研平台，致力于培养高水平的计算机科学技术人才。

建筑学院：

由著名建筑学家梁思成先生于1946年创办，清华建筑学院在建筑学领域享有极高的声誉，并在国内外有广泛的影响力。

土木水利学院：

特别是水利水电工程系，该系在水利工程一级学科中有着卓越的成就，并在2003年教育部组织的一级学科评估中综合排名全国第一。

经济管理学院：

清华经济管理学院以其深厚的学术底蕴、国际化的视野和前沿的教学理念闻名，培养了众多商界领袖。

物理学院：

作为自然科学领域的研究前沿，物理学院在基础科学研究方面有着重要的地位。

以上信息基于不同时间点的发布，实际情况可能会有所变化。您可以根据自己的兴趣和目标，选择最适合您的学院进行深入了解。