扎赉特旗有多所大学进行合作或支持，其中包括但不限于以下几所：

清华大学- 托管帮扶扎赉特旗音德尔第一中学。清华大学是一所综合性的研究型大学，属于国家“双一流”、“985工程”和“211工程”。

南开大学- 托管帮扶丰镇市第一中学。南开大学是一所文理并重的全国重点大学，也是国家“双一流”、“985工程”和“211工程”建设高校。

天津大学- 托管帮扶敖汉旗箭桥中学。天津大学是一所多科性工业大学，同样是国家“双一流”、“985工程”和“211工程”建设高校。

此外，扎赉特旗还与内蒙古农业大学和西北农林科技大学有合作关系，例如在耕地保护方面，内蒙古农业大学的杨彦明教授团队曾来扎赉特旗开展黑土地耕地质量监测土壤采集和基础数据采集活动。