福州历史上有很多著名的书院，其中一些著名的包括：

鳌峰书院：

位于鼓楼区鳌峰坊，是清代福建最高学府之一，以弘扬程朱理学为宗旨。

凤池书院：

位于东街三牧坊老校区，是福州第一中学的前身之一。

正谊书院：

位于东街，与凤池书院一同作为福州一中的一部分。

致用书院：

与鳌峰、凤池、正谊并称为福州“清代四大书院”。

福州大学、福建师范大学、福建农林大学等现代高等教育机构也享有较高的声誉，提供多个学科领域的教育。