根据最新的排名信息，以下是2025年日本大学在世界排名中的情况：

东京大学：

东京大学在日本排名最高，全球排名中位列第28位。

京都大学：

京都大学在日本排名第二，全球排名中位列第45位。

大阪大学：

大阪大学在日本排名第三，全球排名中表现不俗，但具体名次未提及。

早稻田大学：

早稻田大学是私立大学中最好的，但在全球排名中通常不会位于前50名。

庆应义塾大学：

庆应义塾大学是私立综合大学中排名最高的，全球排名中位列第216位。

以上排名基于不同排名机构的评估标准，包括QS世界大学排名、THE世界大学排名和USNews世界大学排名。这些排名反映了日本大学在教学、研究、学术声誉等方面的国际地位。