在司法实践中，当案件事实存在疑问时，通常会适用“存疑时有利于被告”的原则，即在对事实存在合理疑问的情况下，应当作出有利于被告人的判决。具体来说，这一原则可以表现为：

1. 当案件事实在有罪与无罪之间存在疑问时，应按无罪处理；

2. 当案件事实在重罪与轻罪之间存在疑问时，应认定为轻罪；

3. 在被告人有罪无罪难以确定的情况下，应当做出有利于被告人的判决；

4. 如果对被告人有利的事实存在疑问，不能适用“存疑有利于被告”原则。

这一原则体现了无罪推定原则及司法人权保障的精神，是刑事证据制度中非常重要的原则之一。然而，该原则的适用受到一定的限制，例如法律之疑不适用此原则，且只适用于对被告人不利的事实。