根据最新的排名信息，以下是系统科学专业在全国的排名情况：

清华大学- 排名第一

上海交通大学- 排名第二

浙江大学- 排名第三

南京大学- 排名第四

哈尔滨工业大学- 排名第五

北京航空航天大学- 排名第六

同济大学- 排名第七

中国科学技术大学- 排名第八

西安交通大学- 排名第九

北京理工大学- 排名第十

以上排名基于2024年5月1日的发布信息，排名可能会随着时间和不同评价机构的更新而有所变化。