北京单独出卷的原因主要包括以下几点：

考生数量较少：

北京、上海、天津作为直辖市，考生数量相对较少，单独命题可以更准确地反映这些地区考生的实际能力。

教育要求多元化：

随着经济文化的发展，北京等地区对教育的需求更加多元化，包括素质教育、艺术教育、体育教育等方面，全国统一考试难以满足这些需求。

教育公平性：

为了保障教育公平，特别是对于教育相对落后的地区，自主命题可以更好地适应地方教育特点，同时体现对教育高职能的要求和对教育后进地区的帮扶。

适应社会发展：

自主命题是教育主管部门对社会发展变化的积极响应，体现了教育制度适应时代进步和满足社会需求的改革方向。

保护其他地区考生：

有观点认为，北京单独出卷是在保护其他省份的考生，因为北京拥有众多高校名校，对本地考生的招生名额较多，全国统一考试可能对其他省份考生不公平。

以上是北京单独出卷的主要原因。