南方医科大学设有多个院系，包括但不限于以下几个：

基础医学院

中医药学院

生物医学工程学院

药学院

公共卫生学院

护理学院

检验与生物技术学院

卫生管理学院

马克思主义学院

外国语学院

法医学院

数学系

物理系

化学系

生物系

电子与电气工程系

材料科学与工程系

金融系

环境科学与工程学院

海洋科学与工程系

力学与航空航天工程系

机械与能源工程系

计算机科学与工程系

生物医学工程系

地球与空间科学系

请注意，以上信息可能会随着时间和学校政策的变化而有所调整，建议以南方医科大学官方网站或最新公布的信息为准