南京中医药大学设有多个学院，包括但不限于以下：

基础医学院

第一临床医学院

第二临床医学院

药学院

经贸管理学院

护理学院

外国语学院

信息技术学院

翰林学院

高等职业技术学院

成人教育学院

国际教育学院（港澳台培训中心）

针灸推拿学院·养生康复学院

养老服务与管理学院

国际经方学院

公共外语教学部

体育部

请注意，以上信息可能会有所变动，建议以南京中医药大学最新公布的信息为准