菏泽学院的专业排名如下：

本科专业排名（根据2023年校友会数据）

环境科学与工程- 中国一流应用型专业

机械电子工程- 中国一流应用型专业

能源化学工程- 中国高水平应用型专业

制药工程- 中国高水平应用型专业

生物技术- 中国高水平应用型专业

生物工程- 中国高水平应用型专业

专科专业排名（根据2023年校友会数据）

汉语言文学（师范类）

历史学（师范类）

思想政治教育（师范类）

生物科学（师范类）

化学（师范类）

特殊教育（师范类）

数学与应用数学（师范类）

英语教育

小学教育

动物医学

学前教育

请注意，排名可能会根据不同的评价标准和时间有所变化，请以学校最新公布的信息为准。