南京航空航天大学在明故宫校区设有多个学院，包括：

1. 南京航空航天大学航空学院

2. 南京航空航天大学能源与动力学院

3. 南京航空航天大学自动化学院

4. 南京航空航天大学电子信息学院

5. 南京航空航天大学机电学院

6. 南京航空航天大学材料科学与技术学院

7. 南京航空航天大学民航学院

这些学院构成了南京航空航天大学的主体部分，位于南京市明故宫遗址公园附近。