复旦大学补办一卡通的流程如下：

准备材料：

携带有效身份证件（如身份证、护照等）到校园卡务管理中心。

填写申请表：

在校园卡务管理中心填写补办申请表。

缴纳费用：

根据校园卡务管理中心的要求缴纳相应的补卡工本费。

等待制作：

提交申请后，等待校园一卡通的制作完成。

领取新卡：

制作完成后，到指定地点领取新的校园一卡通。

请注意，具体的流程和所需材料可能会有所变动，建议直接咨询校园卡务管理中心或访问复旦大学官方网站获取最新信息。