南京理工大学的顶尖专业排名如下：

计算机科学与技术：

国家级一流本科专业建设点，国家级特色专业。

电子信息工程：

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自动化专业：

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机械工程：

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材料科学与工程：

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兵器科学与技术：

在国内学科评估中排名第一。

化学工程与工艺：

国家级一流本科专业建设点，国家级特色专业。

光电信息科学与工程：

国家级一流本科专业建设点，国家级特色专业。

安全工程：

国家级一流本科专业建设点，国家级特色专业。

信息与计算科学：

国家级一流本科专业建设点，江苏省特色专业。

以上排名基于最近的信息更新，具体排名可能会根据不同的评价体系和标准有所变化。建议参考南京理工大学官方发布的最新信息以获得最准确的排名情况