南通大学及其下属院校包括：

南通大学

类型：本科综合类

特点：江苏省人民政府和交通运输部共建的综合性大学，江苏高水平大学建设高峰计划B类高校，国家“卓越医生教育培养计划”和“卓越教师培养计划”试点高校。

南通理工学院

类型：本科理工类

特点：民办大学。

南通大学杏林学院

类型：本科综合类

特点：民办大学。

江苏工程职业技术学院

类型：专科理工类

南通职业大学

类型：专科理工类

南通科技职业学院

类型：专科农林类

江苏航运职业技术学院

类型：专科理工类

特点：双高计划院校。

江苏商贸职业学院

类型：专科综合类

南通师范高等专科学校

类型：专科师范类

南通市工人业余大学

类型：成人高等学校

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