军校女生在入学后通常不可以跨专业。以下是具体原因：

招生专业已定：

军校招生时分为指挥类专业、非指挥类专业以及“合训分流”专业。学生在入学时已经确定了专业，这个专业将决定其四年本科后的专业定位和岗位范围。

转专业情况有限：

虽然存在因学校方面对专业培养进行调整或专业细分方向调整而转专业的情况，但这些情况并不常见。大部分情况下，学生需要按照入学时的专业进行学习。

提前批次录取：

军校招生属于提前批次，对身体要求严格，达到体检标准后才能参加文化课考试。报考专业录取后不能随意转专业，每个专业都有严格的招生计划。

统一分配：

军校目前还是统一分配，虽然存在部分大单位、部分专业可以跨军种、跨专业报考的情况，但这需要看具体报考的院校是否有相关招生计划。

综上所述，军校女生在入学后通常不可以跨专业，特殊情况除外。因此，建议学生在报考军校时仔细考虑并选择适合自己的专业。