南通大学对于晚归的学生，根据学校宿舍管理条例，可能会面临不同程度的处罚。具体的处理方式可能包括：

批评教育：

辅导员或领导可能会对学生进行口头或书面教育。

扣分：

晚归可能会导致学生的综合素质分被扣除。

通报：

学校可能会对晚归行为进行通报，影响学生的名誉。

取消奖励或资格：

在某些情况下，晚归可能导致学生失去某些奖励或资格，例如入党资格。

其他处罚：

根据情节轻重，可能会面临更严重的处罚，例如记过等。

需要注意的是，这些处罚一般不会记入学生的个人档案。晚归行为违反了学校的生活准则和管理秩序，可能会对学生的人身安全构成威胁，因此学校会采取相应的措施进行管理。