微生物研究生可以考虑考取以下证书：

基因测序实验工程师证：

随着二代测序技术的发展，这类人才需求较大。

遗传咨询师证：

涉及遗传学咨询的专业证书。

生物信息分析工程师证：

针对生物信息学数据分析的专业证书。

执业药师证书：

由国家人力资源和社会保障部和国家食品药品监督管理总局共同负责的职业资格考试。

营养师证书：

通过营养基础理论学习及临床营养技能修练后获得的专业证书。

微生物检验员证书：

考试内容包含微生物学基础知识、检测方法、实验室安全规范等理论知识，以及实际操作技能，如显微镜使用和PCR仪操作等。

选择考取哪个证书取决于个人的职业规划和对未来工作的需求。希望这些信息对你有所帮助，