南京的本科大学排名如下：

南京大学

简称“南大”

教育部直属全国重点大学

“双一流”A类、“211工程”、“985工程”重点建设高校

设有91个本科专业

东南大学

简称“东大”

教育部直属并与江苏省共建的全国重点大学

“双一流”建设高校

“985工程”和“211工程”重点建设大学之一

设有102个本科专业

南京理工大学

简称“南理工”

工科为主，理工类综合性全国重点大学

“双一流”建设高校

“211工程”和“985工程优势学科创新平台”重点建设高校

设有多个优势学科，如兵器科学与工程、化学工程与技术等

以上排名基于最近的信息更新，具体排名可能会根据不同的评价标准和时间有所变化。