截至2024年，水文地质专业院校排名如下：

云南国土资源职业学院，全国排名第一位。

江西应用技术职业学院，全国排名第二位。

黄河水利职业技术学院，全国排名第三位。

中国地质大学（武汉），国内领先。

武汉大学，国内领先水平。

北京大学，国内领先水平。

中国矿业大学（北京），研究成果丰硕。

西安理工大学，具有较强实力。

河海大学，勇夺校友会2024中国大学水文与水资源工程专业排名（研究型）首位。

四川大学，位列校友会2024中国大学水文与水资源工程专业排名（研究型）前3强。

南京大学，国家特色专业。

长安大学，国家特色专业。

东华理工大学，国家特色专业。

内蒙古农业大学，国家特色专业。

建议根据个人兴趣、专业方向及地域分布等因素，综合考虑上述院校进行选择。