河南理科550-560分的分数可以考虑申请一些综合实力较强的本科院校，以下是可能的选项：

1. 郑州大学：作为河南省的重点高校，郑州大学综合实力较强，在河南省内有一定的知名度和影响力。

2. 河南大学：作为河南省的另一所重点高校，河南大学在理科领域具有一定的实力和声誉。

3. 河南师范大学：河南师范大学在教育领域具有一定的优势，在师范类专业方面有较好的师资和教学资源。

此外，还可以考虑其他一些省内外的综合性大学，根据个人的兴趣和实际情况进行选择。