昌吉学院的热门专业排名如下：

软件工程

数学与应用数学（师范）

小学教育（师范）

数据科学与大数据技术

自动化专业

金融数学专业

物理学

网络与新媒体专业

汉语言文学

电子商务

建议：

软件工程、 数学与应用数学（师范）、 小学教育（师范）和 数据科学与大数据技术是昌吉学院的热门专业，排名靠前，建议优先考虑。

自动化专业、 金融数学专业、 物理学、 网络与新媒体专业和 汉语言文学也是学院的特色和优势专业，具有较高的就业前景和发展潜力。

电子商务等专业也具备较好的就业前景，适合对商业运营感兴趣的学生。