南京自考本科可以选择的学校包括：

南京大学

东南大学

南京航空航天大学

南京理工大学

河海大学

南京农业大学

南京师范大学

南京工业大学

南京审计大学

江苏警官学院

南京晓庄学院

南京艺术学院

江苏第二师范学院

南京医科大学

南京中医药大学

南京信息工程大学

南京工程学院

南京邮电大学

南京林业大学

西交利物浦大学

苏州科技大学

南京特殊教育师范学院

建议您根据自身的专业兴趣、学术目标和地理位置等因素，选择合适的学校进行报考。