根据最新的可靠信息，莆田学院排名最好的专业如下：

数学与应用数学：

该专业被教育部评为国家一流本科专业，是莆田学院最强的优势专业，也是最好就业的专业。

电气工程及其自动化：

该专业在多个排名中均表现优异，被认为是莆田学院的王牌专业之一。

软件工程：

在多个排名中，软件工程均位列前三，是莆田学院的强势专业。

工程管理：

该专业在教育部双万计划中被评为国家一流本科专业，属于莆田学院的优势专业。

临床医学：

该专业在多个排名中均表现优异，属于莆田学院的优势专业。

会计学 、 土木工程、 工程造价、 医学影像技术、 药学、 机械设计制造及其自动化、 英语专业：

这些专业也被认为是莆田学院的优势专业。

建议：

数学与应用数学和 电气工程及其自动化是莆田学院的顶尖专业，建议优先考虑。

软件工程、 工程管理和 临床医学也是非常好的选择，具有较好的就业前景。

其他如 会计学、 土木工程、 工程造价、 医学影像技术、 药学、 机械设计制造及其自动化和 英语专业等也是值得考虑的优势专业。

请根据个人兴趣和职业规划，选择最合适的专业。