清代省级学校主要包括以下几所：

京师大学堂：

成立于1898年，是中国近代第一所国立大学，标志着中国近代国立高等教育的开端。

福建船政学堂：

成立于1866年，是清朝为培养海军人才而设立的海军学院。

山东高等学堂：

成立于1901年，由泺源书院改建而来，后成为山东第一师范学校。

东运学堂：

成立于1901年，原为景贤书院，根据山东盐运需要培养学生。

这些学堂在当时的清朝教育体系中占有重要地位，为中国的近代化教育奠定了基础。