南京最好的大学排名如下：

南京大学

全国排名第5名

双一流高校

985工程大学

211工程大学

东南大学

全国排名第17名

双一流高校

985工程大学

211工程大学

南京航空航天大学

全国排名第36名

双一流高校

211工程大学

河海大学

全国排名第37名

双一流高校

211工程大学

南京农业大学

全国排名第38名

双一流高校

211工程大学

南京理工大学

全国排名第43名

双一流高校

211工程大学

南京师范大学

全国排名第62名

双一流高校

211工程大学

南京工业大学

全国排名未明确

双一流高校

211工程大学

南京林业大学

全国排名未明确

双一流高校

211工程大学

中国药科大学

全国排名未明确

双一流高校

211工程大学

建议：

南京大学在各项排名中均位居南京市高校首位，并在全国范围内具有很高的知名度和学术实力，是南京市最好的大学。

东南大学、南京航空航天大学、河海大学和南京农业大学也是南京市乃至全国范围内非常优秀的大学，各自在特定领域具有显著优势。

南京理工大学和南京师范大学在全国的排名也较高，表现突出。

其他如南京工业大学、南京林业大学和南京信息工程等也是值得关注的大学。