根据提供的信息，2016年中国马克思主义理论专业排名中，前三名的高校是：

1. 清华大学

2. 中国人民大学

3. 武汉大学

这些排名基于综合指数，清华大学以91.6分位居榜首，中国人民大学和武汉大学分别以90.2分和88.8分位列其后。排名中还包括了其他一些著名高校，如东北师范大学、北京大学、复旦大学、吉林大学、中山大学等。

请注意，这些信息是基于2016年的数据，排名可能会随着时间和各种因素（如教学质量、研究成果、师资力量等）的变化而有所调整。如果您需要最新的排名信息，建议查询权威的教育评估机构发布的最新数据