南信职业技术学院和南京信息工程大学都有各自的优势专业。根据最新的信息，南信职业技术学院的王牌专业包括通信技术、电子产品质量检测、软件技术、物联网应用技术等。而南京信息工程大学的王牌专业则包括大气科学、信息与计算科学、海洋科学、材料物理、电子信息工程、自动化、计算机科学与技术、环境科学、信息管理与信息系统、会计学等。

具体到“最好”的专业，根据不同的评价标准和时间点，可能会有不同的答案。例如，计算机科学与技术专业在南京信息工程大学被提及为国家级一流本科专业建设点、国家特色专业、江苏省十二五重点专业，并且在就业前景和薪资待遇方面表现优异。

因此，若以就业前景、专业特色和学科评估结果为依据，可以认为南京信息工程大学的计算机科学与技术专业是一个值得考虑的选择。然而，南信职业技术学院的通信技术等专业在行业内的认可度和就业率也非常高，同样值得关注。

请根据您的兴趣和职业规划，考虑这些专业中哪一个更适合您