合肥的二本学院包括：

1. 安徽建筑大学

2. 安徽医科大学

3. 安徽中医药大学

4. 合肥学院

5. 合肥师范学院

6. 巢湖学院

7. 安徽艺术学院

8. 安徽新华学院

9. 安徽三联学院

10. 安徽外国语学院

11. 安徽医科大学临床医学院

12. 安徽大学江淮学院

13. 安徽建筑工业学院城市建设学院

14. 安徽农业大学经济技术学院

15. 合肥理工学院

16. 合肥城市学院

请注意，以上信息以教育部门公布的最新权威信息为准。