自考学历的毕业证书是由 省考委颁发，主考学校副署的。自2003年起，自学考试的毕业证书由全国考委统一制作，并在教育部考试中心网络上电子注册。具体到某一学校，例如南京大学，虽然可以自考获得其毕业证，但这只是众多主考学校中的一个。

因此，不论是哪个学校的自考学历，其毕业证书的颁发机构都是省考委，同时会由主考学校副署。这样的机制确保了自考学历的权威性和合法性。对于自考生而言，无论报考哪所主考学校，最终获得的毕业证书都将在教育部考试中心网络上进行电子注册，以便于查询和验证。