根据提供的信息，南京理工大学（南理工）和南京航空航天大学（南航）都是211高校，并且各有其专业优势。以下是两校专业排名的对比：

南理工专业排名

优势专业：自动化、控制理论与控制工程、电气自动化、计算机科学与技术、电子信息技术、光学技术、武器系统、高分子材料科学与工程。

特别提及：兵器科学与技术为A等级，学科优势明显。

南航专业排名

优势专业：机械电子工程、机械设计、机械制造、流体力学、飞行器设计、液压技术、通信工程、信号处理。

特别提及：力学、机械工程、管理科学与工程有A-等级学科。

综合排名对比

在某些排名中，南航的排名可能略高于南理工，但具体情况可能因排名机构和评价标准而异。

总结

南理工在兵器科学与技术上具有更明显的学科优势，而南航在机械工程和管理科学与工程方面表现突出。两校在不同领域各有所长，具体排名可能会根据不同的评价体系和时间点有所变化。