当前江苏省南通市内的主要大学包括：

南通大学

类型：综合性大学

级别：江苏省人民政府和交通运输部共建，江苏高水平大学建设高峰计划建设B类高校

特色：国家“卓越医生教育培养计划”和“卓越教师培养计划”试点高校

创办时间：

1912年

合并历史：由原南通医学院、南通工学院、南通师范学院三校合并组建

南通理工学院

类型：全日制普通本科高校

级别：民办

创办时间：2000年

升格时间：2014年5月升格为本科院校

南通大学杏林学院

类型：独立学院

级别：民办

创办时间：以南通大学启东校区作为办学校园

江苏工程职业技术学院

类型：职业技术学院

南通职业大学

类型：综合性全日制普通高校

级别：国家“双高计划”高水平专业群建设单位

创办时间：

1973年

南通科技职业学院

类型：职业技术学院

江苏航运职业技术学院

类型：职业技术学院

江苏商贸职业学院

类型：职业技术学院

南通师范高等专科学校

类型：师范高等专科学校

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