以下是军事系指挥专业的排名情况：

国防科技大学

985院校，全军顶尖军校，专业涵盖广泛，录取分数线高。

中国人民解放军海军军医大学

211工程建设高校，隶属于后勤部主管，是全军含金量很高的军医大学。

中国人民解放军信息工程大学

位于河南省，是全军知名的信息类军校。

空军工程大学

专注于空军相关专业的军事院校。

中国人民大学

在海警舰艇指挥与技术专业以及边防指挥专业中均排名第一。

中国政法大学

在海警舰艇指挥与技术专业以及边防指挥专业中均排名第二。

北京大学

在海警舰艇指挥与技术专业以及边防指挥专业中均排名第三。

清华大学

在海警舰艇指挥与技术专业以及边防指挥专业中均排名第四。

华东政法大学

在海警舰艇指挥与技术专业以及边防指挥专业中均排名第五。

武汉大学

在海警舰艇指挥与技术专业以及边防指挥专业中均排名第六。

西南政法大学

在海警舰艇指挥与技术专业以及边防指挥专业中均排名第七。

对外经济贸易大学

在海警舰艇指挥与技术专业以及边防指挥专业中均排名第八。

吉林大学

在海警舰艇指挥与技术专业以及边防指挥专业中均排名第九。

上海交通大学

在海警舰艇指挥与技术专业以及边防指挥专业中均排名第十。

这些排名综合了不同来源的数据，并考虑了各大学的学科优势、专业设置和学术声誉。建议在选择军事指挥专业时，综合考虑个人兴趣、职业规划以及各大学的实际情况。