西南交通大学最好的专业包括：

交通运输工程：

国家级一流本科专业建设点、国家级特色专业、国家重点一级学科，在全国学科评估中连续十二年全国排名第一。

土木工程：

国家级一流本科专业建设点、国家级特色专业，在全国第4轮学科评估中获评A-。

机械工程：

机械工程学科包含机械制造及其自动化、机械电子工程、机械设计及理论等专业，是国家级重点学科。

车辆工程：

国家级特色专业，以深厚的学科优势和研究基础著称。

计算机科学与技术：

作为计算机类专业的一部分，是该校的优势专业之一。

通信工程：

在通信领域有较强实力，师资力量雄厚。

电气工程及其自动化：

电气类专业是该校的招牌专业之一。

这些专业在各自的领域内享有较高的声誉，并且是国家级特色专业或一流本科专业建设点。