当前南京地区植物保护专业的大学排名如下：

南京农业大学：

排名第一，该校在植物保护学科方面实力强劲，尤其在农业科学领域享有盛誉。

南京林业大学：

排名第二，该校在林业工程、林业科学等领域具有较强竞争力。

南京师范大学：

排名第三，农业资源与环境专业在农林类学科中表现突出。

以上排名仅供参考，具体选择学校时还需考虑个人兴趣和职业规划