西农创新学院的专业设置包括：

植物科学

动物科学

工商管理

生物技术

生物工程

食品工程

农业水利工程（陕西省名牌专业）

机械工程（包括农业水利工程、机械设计制造及其自动化、机械电子工程、电子信息工程）

园林设计与制造

环境工程

农业与发展设计

这些专业为学生提供了广泛的学术和职业教育，旨在培养学生在各自领域的专业能力。学生可以在导师的指导下，制定个性化培养方案，完成教学环节，参与科研实践活动，并完成毕业论文等