海门中等专业学校开设的专业主要包括：

机械设计制造类

机械加工技术

自动化类

机电技术应用

计算机类

计算机应用

计算机平面设计

电子信息类

电子技术应用

艺术设计类

绘画

纺织服装类

服装设计与工艺

农业类

作物生产

此外，海门中等专业学校还开设中职专业18个，高职专业5个，形成了机械加工、土木工程、电子信息、商贸财经四大专业群，并拥有多个省级示范专业或品牌专业，如“机械加工技术”、“数控技术应用”、“计算机及应用”、“电子技术应用”、“建筑工程施工”、“现代农艺”、“服装工艺与设计”、“会计电算化”等。