闽南科技学院设有以下系部：

1. 计算机信息学院

2. 光电信息学院

3. 商学院

4. 生命科学与化学学院

5. 艺术设计学院

6. 人文学院

7. 土木工程学院

8. 马克思主义学院

9. 通识教育学院

10. 创新创业学院

11. 国际教育学院

这些系部涵盖了理、工、文、管、经、艺等多个学科门类，提供多种本科专业