根据最新的排名信息，清华大学在微电子科学与工程专业中排名最高。以下是具体的排名情况：

清华大学：排名第一

北京大学：排名第二

复旦大学：排名第三

西安交通大学：排名第四

上海交通大学：排名第五

以上排名基于不同来源的信息，具体排名可能会根据不同的评价标准和更新时间有所变化。如果您需要最新的详细排名信息，请参考官方发布的最新榜单或教育评估机构的数据