自考的毕业证书是由 主考院校颁发的。主考院校是考生报名自考时选择的，并且可以修改。考生一般不能决定主考大学，因为主考大学由省考委指定，但有些省份的某些专业可能有两个及其以上的主考大学，这时考生会在参加实验考核或毕业答辩的大学为毕业证上盖章的学校。

此外，虽然有多所高校设有自考部门，如北京大学、南京大学、复旦大学等，但这些高校并不是颁发自考毕业证书的学校，而是提供自考课程和辅导。

因此，参加自考并获得毕业证书的考生，其证书上将有主考院校的公章和自考委员会的公章，这表明毕业证书是由主考院校颁发的。